Classées en paysage remarquable au titre de la Loi Littoral depuis juillet 1974, les iles sanguinaires et la Parata constituent une zone d'importance communautaire pour les oiseaux et une zone naturelle d'intérêt écologique faunistique et floristique, ce qui a justifié la création du site Natura 2000.

  L'archipel est d'origine magmatique. Il est constitué de 2 roches distinctes résultant de magmas non miscibles : la diorite, sombre, avec parfois des enclaves à grains fins, et le granite monzonitique, plus clair.
        On y trouve une végétation très variée. Pas moins de 150 espèces différentes se côtoient sur Mezzu Mare: végétation annuelle de laissés de mer, falaises avec une végétation des côtes méditerranéennes, fourrés halo-nitrophile, pelouses mixtes en voie d'envahissement, fourrés à lentisque et oléastre... Parmi les plantes les plus rares, on y trouve le spectaculaire arum mange mouche. La végétation est basse et adaptée à la proximité de la mer. 
        Les îles sanguinaires sont aussi le refuge des oiseaux qui peuvent s'y reproduire en toute quiétude. Vous y verrez une des plus belles colonies de cormorans huppés, le faucon pèlerin, la fauvette sarde, le goëland leucophée, et plus rarement le puffin cendré ou le goëland d'Audouin. Le site des îles sanguinaires est également favorable à la réinstallation d'un couple de balbuzards pêcheurs qui fréquente régulièrement les îles depuis quelques années.
        La zone marine, quant à elle,  abrite le récif et l'herbier à posidonie, qui est un habitat prioritaire, ainsi que le grand dauphin ou encore la patelle géante et la grande nacre. 

          Selon plusieurs récits de voyageurs, dont celui d'Alphonse Daudet dans "les lettres de mon moulin", ces îles auraient été habitées par le passé. Les traces de présence humaine remonteraient au XVIe siècle avec l'existence d'une tour génoise à l'emplacement du phare actuel.  Dès 1806, la construction du Lazaret sur Mezzu Mare en fait un poste sanitaire destiné aux pêcheurs de corail qui rentrent d'Afrique. En 1865, le sémaphore est mis en service sur le piton central. Il sera désarmé en 1955. A partir de 1985, le phare est automatisé et dès lors l'île ne sera plus habitée. 

iles sanguinaires ombre chonoise